Re: Suchen/ersetzen mit zwei Dateien
Am Fri, 02 May 2008 22:20:08 +0200 schrieb Heiko Schlittermann:
> Bernhard Kleine <bbfk@gmx.net> (Fr 02 Mai 2008 20:47:30 CEST):
>> Hallo,
>>
>> ich habe in einer Datei GnRHs.fasta 185 Einträge folgender Form:
>>
>> >gi|254825|gb|AAB63599.1| gonadotrophin-releasing hormone;
>> MDLSSKTVVQVVMLALIAQVTFSQHWSYGWLPGGKRSVGELEATIRMMDTGGVMALPEETGAHIPERLRP
>> YDVMSKKRMPHK
>
> Verstehe ich das korrekt: Es sind zweizeilige Einträge (oder sogar
> dreizeilig? Ich bin mir nicht sicher, wo Dein Editor und wo mein
> Mailclient umbrechen.
>
Das ist ein Mehrzeiler aber die mit > beginnende Zeile ist immer ein
Einzeiler.
>> in einer zweiten Datei names.txt sind 185 Einträge wie z.B.: GnRH-1
>> Oncorhynchus masou |cherry salmon|fish| gi|254825|gb|AAB63599.1|
>
> Das sind dann also einzeilige Einträge?
>
Genau
> Und das "gi|254825|gb|AAB63599.1|" kommt genau so sin beiden Files vor
> und ist eindeutig?
Ja
> Gehören die ">" in Deiner Mail zu den Files? Also geht im ersten File
> ein neuer Eintrag immer mit ">" los?
ja, das ist das fasta Format für Gen-Einträge
>> Ich möchte jetzt in GnRHs.fasta jeweils die erste Zeile durch den Namen
>> des entsprechenden Tieres
>> >GnRH-1 Oncorhynchus masou |cherry salmon|fish|
>>
>> Zweitens möchte ich die entstehende neue Datei nach dem zweiten plus
>> dritten Wort der neuen ersten Zeile sortieren.
>>
>> Das schaffe ich nicht alleine und benötige Eure Hilfe. Ich kann das
>> auch von Hand machen, brauch aber ein Paar Stunden.
>
> Nun, es ist die Frage, wie oft das am Ende stattfinden muß.
185 mal und dann das Sortieren.
Bernhard
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