Bonsoir,
Si tu veux juste récupérer les fichiers de configuration par défaut, tu peux télécharger le fichier binaire de fail2ban (apt-get download fail2ban), l'extraire (dpkg -x fail2ban-*****.deb repertoire_destination) et récupérer les fichiers dans le dossier repertoire_destination/etc/fail2ban. C'est pas très propre, mais ça te permettra de continuer ton travail sur fail2ban en attendant de trouver la solution de ton problème, car sur ma debian whezzy avec la réinstallation je retrouve les fichiers de conf même après suppressions.
En espérant que ça t'aide.