А у вас определяется тип watchdog'а? В смысле грузится ли соотв. модуль wdt? Примоминаются какие-то танцы с бубном в виде того, что надо заблэклистить iTCO_wdt.
Из юзерспейса управлять демоном watchdog, как правильно подсказал коллега sergio.
Кроме того, как минимум на каких-то моделях Supermicro надо проверить джампер на мат.плате. В зависимости от положения джампера, watchdog генерирует NMI или уходит в жесткую перезгрузку. Если хочется хоть какой-то диагностики о причинах зависона, то нужно использовать NMI. Если надо просто чтобы работало, то второе.