Тут умные люди подсказывают, что на такой диск невозможно поставить бут лоадер. Наверное всё-таки ещё не время совсем от partition table отказываться. Лучше таки сделать один partition на весь диск, а lvm physical volume уже там.
Загрузчик с ядром и initrd можно поставить на флешку. А винты полностью в LVM.
У меня на домашней файлопомойке так (только у меня CompactFlash). --