Помнится что сталкивался с проблемой, что apt хотел лишнего по autoremove удалить, но чтобы весь гном... Пометил я его как мануально установленный, пометил gnome-core. Теперь меньше хочет удалить, но всё-равно около ста пакетов. Короче сделал `aptitude keep-all` чтобы отстал :) Спасибо за советы. Может баги в Убунте - тоже фичи, только надо посмотреть с другой стороны :)