Io sto usando un computer con Debian Squeeze come piccolo "server" (Per i film che scarico e i miei backup) e condivido le cartelle con samba.
Tutti gli altri computer sono Win 7 e non ho ancora avuto problemi, però sono condivise senza nessuna password.
Tutti i computer possono leggere e scrivere senza problemi sulle cartelle condivise e viceversa, io dal Serverino Debian posso leggere e scrivere sulle condivise dei computer windows.
Però da quello che ho capiti il tuo caso è molto più complicato del mio.
P.S. Io ho seguito un HowTo trovato su internet quindi ho pochissima esperienza in merito, anzi tendente a zero, però se posso essere d'aiuto, sono a disposizione.