FAT32, a menos que quieras archivos mayores a 4GB, symlinks y journal.Ext3, a menos que quieras soporte nativo por parte del sistema operativo y no te moleste tener que ponerle 777 a cada archivo queescribas.
El problema del FAT 32 es que se desperdicia mucho espacio en particiones de gran tamanyo, por motivo de los clusters. FAT32 es un fs antiguo que era bien adaptado para los disquetes pero ahora segun tengo entendido no vale mucho usarlo para particiones de gran tamanyo.
Cierto.
No veo lo que quieres decir con los derechos (777) suelo usar particiones ext compartidas entre windows y linux y nunca tuve problemas de derechos en ellas.
Pero si tienes un ext3 y en la PC usas un umask 660, y te lo llevas a otra PC donde se usa otra distribución, que tal vez use UIDs diferentes, vas a tener que hacer una cambiadera de permisos para poder leer tus archivos. -- Octavio.