¿Has probado a hacer dpkg-reconfigure xserver-xfree86? Nota: ten en cuenta que esto sólo modificará el archivo XF86config4 en el caso de que no haya sido modificado por algún otro programa. Para asegurarte de que al hacer dpkg-reconfigure xserver-xfree86 los cambios se guardan puedes seguir los pasos que hay al inicio del archivo /etc/X11/XF86config-4. -- que a mí ni me va ni me viene... pero por comentar...