Похоже, что проблема всеже была в репозитории mirror.yandex.ru - прописал место него ftp.debian.org и тутже появились на обновление многие пакеты, такие как pidgin 2.6.5, как оказалось, появившийся в unstable еще на выходных. Причем, этот pidgin на yandex также лежит, но после update и upgrade у меня попрежнему оставался 2.4. Таже разрешились некоторые зависимости, поломаные до этого. Ни у кого подобных проблем с яндексовским репозиторием не возникало?