Je, acabo de leer todo el hilo, me sorprende que nadie haya dado la
solución de Raulito [0], lo que tienes que hacer para que funcione
como esperas, es editar nautilus-desktop-window.c [1]
Y añadir después de la linea 54 lo siguiente:
window->details->show_hidden_files_mode =
NAUTILUS_WINDOW_SHOW_HIDDEN_FILES_DEFAULT;
Luego el escritorio mostrará los archivos ocultos de la misma manera
que el navegador.
Saludos
[0] http://raulito.nitcom.com/node/47
[1] http://gitorious.org/nautilus/nautilus/blobs/master/src/nautilus-desktop-window.c