Olha... acho que seu servidor pode ter sido invadido por um joomla ou plugin desatualizados . Eu tenho meu site em Joomla e não vejo um tráfego desses.
Se vcs fez a instalação corretamente, provavelmente manteve algum repositório externo com o site inteiro controlado por algo como RCS, CVS, Subversion ou Git. Se fez isso, baixe o que está no servidor em um outro diretório é faça um diff para pegar se tem algum arquivo modificado ou a mais. Se não fez... então fica mais difícil.
Tem um scanner de joomla, o joomlascan, que não é muito fidedigno e dá vários falso-positivos, mas ajuda a ver se tem algo aberto pra ser explorado. Vale a pena dar uma olhada.