Хорошо, вопрос вобщем-то всплыл при создании собственного репозитория из своих пакетов.
Реализована система сборки ПО, которая собирает программы и подготавливает deb пакеты. После чего формируется репозиторий (или обновляется, елси он уже был сформирован) и при обновлении этого репозитория возникают проблемы. Пересобранный софт (даже если изменений в нём не было) при добавлении в репу ругается на несоответствие md5sum.
Вполне возможно что система сборки реализована неправильно, где можно почитать нормально реализовать систему сборки и формирования репозитория в debian?